گزارشی از همایش Advances in Genome Biology and Technology 2016 مناظره ی بزرگ با عنوان : "پانل ها، اگزوم سکوئنسینگ یا ژنوم سکوئنسینگ ؟ ( کدام یک بهتر هستند؟)
شرکت کنندگان: ریچارد گیبس- کالج پزشکی بایلور، هیدی رهم- دانشگاه پزشکی هاروارد، استیون کینگزمور- بیمارستان کودکان رادی

در ابتدا هیدی رهم صحبت می کند.
▫️هیچکدام از تست ها کامل نیستند. انتخاب نوع تست تحت تاثیر موارد مختلفی هستند از قبیل فنوتیپ، ژن مورد مطالعه و حتی حق بیمه... . کار کردن روی بعضی ژنها (مانند ژنهای ناشنوایی) واقعا مشکل است. در این موارد پانل ها بهترهستند. 30 درصد از موارد ناشنوایی CNV (کپی نامبر واریانت) ها هستند که تشخیص آنها از طریق اگزوم سکوئنسینگ بسیار مشکل است. اگر تشخیص واقعا دشوار است، و اگر پانلی که ما را به نشانه های بیماری برساند، وجود نداشته باشد، از ژنوم سکوئنسینگ استفاده کنید.
ما قبلا با آزمایشگاه هایی کار می کردیم که روی تک ژنها تمرکز کرده بودند، اما اکنون دامنه ی کار آزمایشگاه های ما گسترش یافته اند . در این محیط مدیریت دانش بسیار سخت شده است. گاهی ژنوم سکوئنسینگ چیزهایی را از قلم می اندازد که پانل ها آنها را کشف می کنند و برعکس. این امری است که به زمینه ی آزمایش بستگی دارد. اگر شما باید پوشش هزینه های بیمه ای را لحاظ کنید، باید بدانید که شرکت های بیمه ای به این یافته های تکمیلی علاقه ای ندارند!
پیچیدگی های دیگری نیز وجود دارند: SVs، CNVs و موارد دیگر، این تست ها بسیار گران هستند و هنوز پزشکان آزمایشگاه های ارزان را ترجیح می دهند.

▫️ریچارد گیبس نفر بعدیست.
دو دیدگاه وجود دارد:
1) تمام ژنوم (whole genomes ) بهتر است.
2) نه، بعضی نکات ظریف وجود دارند، این مسئله به نوع کار بستگی دارد.
بیشتر ما اگر تحت فشار قرار بگیریم، احتمالا با نظر دوم موافق می شویم.
کیفیت ژنوم سکوئنسینگها، اگزوم سکوئنسینگ ها و پانل ها هنوز یک فاکتور مهم در این قضاوت هاست. البته که ژنوم سکوئنسینگ ها بعضی چیزها را از قلم می اندازند.
اگزوم سکوئنسینگ ها در حال بهتر شدن هستند. ما در حال رسیدن به حدود 84 درصد پوشش تمام بازها در تمام ژنها در ناحیه ی کدینگ ژنوم هستیم. همه ژنها را داریم و تنها تعداد کمی از بازها از قلم می افتند.
پوشش CNV در اگزوم سکوئنسینگ ها ضعیف است اما در ژنوم ها و پانل ها خوب است.
هزینه به صورت خطی بین پانل، اگزوم سکوئنسینگ ها و ژنوم سکوئنسینگ ها افزایش می یابد، همانطور که میزان اطلاعات دریافتی نیز افزایش می یابد. اما اگر می خواهید کار بیشتری روی یک ژنوم انجام دهید باید بیشتر هزینه کنید.
اگر دارای حق انتخاب بین هر سه مورد هستید، باز هم مورد بالا را لحاظ کنید.
فروشندگان در حال فروش تجهیزاتی هستند که قیمت ها را برای اگزوم سکوئنسینگ طوری تغییر داده اند که اگر بخواهند می تواند به ارزانی پانل ها باشد.
▫️ استیون کینگزمور:
ژنوم سکوئنسینگ آزمایش نهایی است و به طرز اعجاب آوری حاوی اطلاعات زیادی است. همه به یک ژنوم سکوئنسینگ نیاز دارند.
ژنوم سکوئنسینگ اگزوم های یک ژن را از قلم نمی اندازد
شما تمام واریانت های اینترونی را از دست نمی دهید
شما می توانید به تمام readها نگاهی بیندازید تا ببینید چه قسمتی از ژن مورد مطالعه ی تان از قلم افتاده است. در حالیکه نمی توانید چنین دیدگاهی را در اگزوم سکوئنسینگ ها یا پانل ها بدست بیاورید.
مشکل اینجاست که آنها گران هستند. دست کم چهار برابر یک اگزوم سکوئنسینگ ( و چهار برابر یک پانل). پرداخت کنندگان اینقدرها به ما پول نمی دهند.
در موارد خاص مانند سرطان که نیاز به جستجوی عمیق است، 30X برای جهش های سوماتیک کافی نیست. اینجا اگزوم سکوئنسینگ ها برنده اند.
روش بزرگ بعدی ژنوم های هیبرید هستند: تطابق "توالی یابی با readهای بلند با توالی یابی با readهای کوتاه". منبع غنی از indels/SVs. بسیار هیجان اگیز!
رده بندی
پانل < < اگزوم سکوئنسینگ « ژنوم « ژنوم هیبرید/غنی

مدیر جلسه: چرا هیبریدها گزینه خوبی هستند؟ ما همین الان هم می توانیم SVs را ببینیم، انتظار داریم چه چیزی دیگری را ببینیم؟

▫️ ریچارد گیبس: ما در آستانه ی بدست آوردن تمام اطلاعات غنی که می خواهیم از ژنوم هستیم. اگر محدودیت هزینه نباشد، می توانیم این کار را با حدود چهل هزار دلار برای هر ژنوم انجام دهیم. بله ما دوست داریم انسان به مریخ بفرستیم، ولی ایا از نظر هزینه به صرفه است؟ قیمت و هزینه مسئله بسیار اساسی است.
▫️ استیون کینگزمور: همه افراد بودجه مشابهی را برای مجموعه ای از تست ها هزینه می کنند، اما ژنوم همه یاطلاعات ان تست ها را به نوعی به ما می دهد.
▫️ ریچارد گیبس: ولی ما هنوز هم اطلاعات زیادی را بخاطر تکنولوژی از دست می دهیم . شما همچنان مناطق گسترده و با اهمیتی از ژنوم را از دست خواهید داد.
ما بسیار فراتر از جایی هستیم که پزشکان هستند، اما در نهایت این ما هستیم که در حال دست و پنجه نرم کردن با مفاهیم غیر قابل تفسیر در ژنوم هستیم . سئوال اصلی: ما اگر بخواهیم این حرفها را به زبان بالینی ترجمه کنیم، چگونه می توانیم آنها را در مورد فواید هر کدام از این تست ها متقاعد کنیم؟

▫️ هیدی رهم: استراتژی برای جواب دهی و گزارش نویسی بین پانل، اگزوم و ژنوم متفاوت است. پانل ها مستلزم بررسی تمام واریانت های ژن ها هستند. حتی اگر شما VUS داشته باشید، می توانید آن را پیگیری کنید. در اگزوم و ژنوم نمی توانید همه ی واریانت ها را تفسیر کنید، پس فیلتر می کنید. گاهی این فیلتر کردن ها کار درستی نیست. بنابراین ما چیزهایی را از قلم می اندازیم نه بخاطر اینکه از نظر فنی جا مانده اند، بلکه به این خاطر که متخصصان بالینی و متخصصان بیوانفورماتیک کارشان را درست انجام نداده اند.
اولین دادخواهی حقوقی در رابطه با سوء تفسیر واریانت اینگونه اتفاق افتاد: آزمایشگاه واریانت را گزارش کرد، و درخواست کرد که آزمایشات بر روی والدین برای اثبات پاتوژنیک بودن انجام شود. پزشک این موارد را به خانواده انتقال نداد و آن خانواده این مسئله را سالها بعد فهمیدند. پزشکان نیز باید در این موارد توجیه شوند.
▫️استیون کینگزمور: باید به هیدی رهم پاسخ دهم. پانل ها به تشخیص اضافی (overdiagnose) گرایش دارند. شما 10 ژن دارید و می خواهید یک تشخیص انجام دهید. شما به فراخوان (call) یک چیزی گرایش پیدا می کنید. (Under diagnosis) سر دیگر ماجراست، زیرا شما بررسی دیگر ژنها را از دست می دهید. پانل ها ارزان هستند و به همین خاطر ما آنها را انجام می دهیم، اما در نهایت ژنوم ها جای انها را خواهند گرفت.
▫️ریچارد گیبس: آیا واقعا پانل ها تشخیص اضافی (over diagnosed ) انجام می دهند؟ این یک مشکل مستمر و مزمن است.
▫️هیدی رهم: به بسیاری از تشخیص های اضافی در ژنوم ها و اگزوم ها نگاهی بیندازید. این مسئله مختص پانل ها نیست.