نرم افزار R برای اولین بار به عنوان یک پروژه تحقیقاتی توسط راس ایهاکا (Ross Ihaka) و رابرت جنتلمن (Robert Gentleman) نوشته شد، و در حال حاضر توسط گروهی از متخصصان علم آمار به نام "تیم هسته نرم افزار R" با صفحه ای در آدرس www.r-project.org در حال توسعه ی فعال می باشد.
نرم افزار R به گونه‌ای طراحی شده، که بی شباهت به زباننرم افزار S که توسط جان چمبرز (John Chambers) و دیگر افراد در آزمایشگاه‌های بل توسعه یافته بود نباشد. نسخه ی تجاری نرم افزار S با قابلیتهای بیشتر، توسط موسسه ی علوم آماری به عنوان نرم افزار SPlus توسعه یافته و به بازار عرضه شده؛ بعدها این نسخه نرم افزار SPlus، توسط شرکت Insightful خریداری شده و اکنون نیز متعلق به TIBCO Spotfire می باشد.نرم افزار R و نرم افزار SPlus را می توان به عنوان دو پیاده سازی زبان نرم افزار S در نظر گرفت.
نرم افزار R بصورت رایگان در دسترس بوده و تحت پروانه ی عمومی همگانی، گنو (GNU) از بنیاد نرم افزارهای آزاد (FreeSoftware Foundation) توزیع می گردد. شما می توانید این برنامه را از شبکه جامع آرشیو نرم افزار R در (CRAN) دانلود نمایید. باینری های آماده اجرای نرم افزار R برای سیستم عامل های ویندوز (Windows)، مک او اس ایکس (Mac OS X) و لینوکس (Linux) در دسترس می باشد.
کد منبع (source code) نیز قابل دانلود بوده و می تواند برای سیستم عامل های دیگر کامپایل شود.
R، حاوی محدودهٔ گسترده‌ای از تکنیک‌های آماری (از جمله: مدل‌سازی خطی و غیرخطی، آزمون‌های کلاسیک آماری، تحلیل سری‌های زمانی، رده‌بندی، خوشه‌بندی و غیره) و قابلیتهای گرافیکی است. در محیط R، کدهای سی، سی++ و فورترن قابلیت اتصال و فراخوانی هنگام اجرای برنامه را دارند و کاربران خبره می‌توانند توسط کدهای سی، مستقیماً اشیا R را تغییر دهند.گرچه نرم‌افزار R اغلب به منظور انجام محاسبات آماری به کار می‌رود، این نرم‌افزار قابل به کارگیری در محاسبات ماتریسی است و در این زمینه، همپای نرم‌افزارهایی چون اُکتاو و نسخهٔ تجاری آن متلب (MATLAB) است. R، همچنین نرم‌افزار قدرتمندی برای ایجاد اشکال گرافیکی و نمودارهاست.
Rبه سرعت در حال تبدیل شدن به مهم ترین زبان برنامه نویسی برای هر دو، زیست شناسان تجربی و محاسباتی است .به خوبی طراحی شده است، بسیار کارآمد و به طور گسترده ای مورد استفاده قرار می گیرد و دارای یک پایگاه بسیار زیادی از همکاران و کاربرانی است که که قابلیت های جدید برای تمام جنبه های مدرن از تجزیه و تحلیل داده ها و تجسم را به آن اضافه میکنند. علاوه بر آن رایگان و منبع باز است.
شما می توانید از R برای تقریبا تمام موضوعات بیوانفورماتیک، پروتئومیکس، تجزیه و تحلیل آماری استفاده کنید ( بطور مثال NGS, Flow Cytometry, text and data mining, Seqeunce manipulation انالیز دیتاهای میکرواری و بیانی ژن و... ) برای این کار پکیج Bioconductor (biological software repository for R) در دسترس است که می تواند برای تجزیه و تحلیل و درک داده های ژنومی بدست آمده از آزمایشگاه های زیست شناسی مولکولی مورد استفاده قرار گیرد
Bioconductor