آنالیز مسیر (Pathway Analysis)

آنالیز مسیر معمولا با هدف غنی سازی ژن و نمایش اطلاعات عملکردی آنها و آشکار ساختن مکانیسم های بیولوژیکی هدایت شده توسط این ژنها، انجام می شود. آنالیز مسیر نه تنها مسیرهای بیولوژیکی یک مجموعه خاص از ژن های بیان شده را دنبال می کند بلکه روابط بین این ژن ها را نیز مشخص می کند.

با در دسترس بودن بیشتر داده های ژنومیکس، ترانسکریپتومیکس و پروتئومیکس ، اینتراکشن بین ژنهای درگیر در مسیرهای چندگانه روشن تر شده و همچنین روابط بین ژن ها، ترنسکریپت هایشان، و محصولات ژنی اشکار می شود.

pathway analysis

با این حال، ابزارهای موجود و دیتابیس ها که به طور عمده در رویکرد دانش محور تهیه شده اند در تلاش هستند تا با پیدا کردن ارتباط بین اطلاعات موجود در یکی از پایگاه داده های دانش محور مسیرها مانند: (KEGG KEGG,Reactome,Panther,BioCarta, Panther,GO,NCI,WikiPathways,etc) و نتایج بیان ژنی برای یک شرایط خاص مانند برای تومور، چاقی، غلات و گیاهان مقاوم در برابر سرما و غیره. مسیرهای درگیر در ایجاد این شرایط خاص را شناسایی کند.

لیستی که در اینجا معرفی می شود شامل تعدادی از منابع و مقالات مفیدی درباره انالیز مسیرهای زیستی و همچنین نرم افزار ها و دیتابیس های مهم جهت مشاهده و شناسایی مسیرها می باشد

(آزمایشگاه پارس سیلیکو درصدد است در تابستان، دوره های آموزشی در زمینه های شناسایی و تجزیه تحلیل مسیرهای زیستی، برگزار کند.از اینرو از تمامی علاقه مندان به این زمینه برای شرکت در این دوره های آموزشی دعوت به عمل می آید.)

مقالات منابع اموزشی:

http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1002375

http://bioinformatics.mdanderson.org/MicroarrayCourse/Lectures09/Pathway%20Analysis.pdf

http://gettinggeneticsdone.blogspot.de/2012/03/pathway-analysis-for-high-throughput.html

http://davetang.org/muse/tag/pathway/

https://www.biostars.org/p/42219/

دیتابیس ها و نرم افزار های مهم:

GeneMANIA, Cytoscape, IPA and Metacore (Commerical ), Pathway Commons, Reactome , Panther, BioCyc, WikiPathways, Pathvisio, KEGG, Stringdb, Amigo, WebGestalt ,ConsensusPathDB ,GSEA, Blast2go