بلاگ

ابزارهای برای آنالیز توالی های متاژنومیک

فکر میکنم که برای کسانی که در زمینه metagenomics فعالیت میکنند این پست سودمند خواهد بود. در این مطلب سعی می کنم لیستی از ابزارهای کاربردی که برای تجزیه و تحلیل اولیه و ثانویه داده های توالی متاژنومیک استفاده می شود تهیه شده و در دسترس خوانندگان قرار دهم

 

متاژنومیکس: (ژنتیک زیست محیطی، ecogenomics یا ژنومیک جامعه) مطالعه ماده ژنتیکی که به طور مستقیم از نمونه های محیطی بدست آمده است.

Metagenome assembly
Velvet: Sequence assembler for very short reads

http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/

Celera Assembler: A whole genome assembler

http://www.cbcb.umd.edu/software/celera-assembler

Metasim: A Sequencing Simulator for Genomics and Metagenomics.)

http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/metasim/welcome.html#Download

Euler

http://cseweb.ucsd.edu/~ppevzner/software.html#EULER-short

Gene calling
genemark.hmm: A family of gene prediction programs (using HMM models to identify genes) http://exon.gatech.edu/GeneMark/metagenome/Prediction/

MetaGeneMark 

http://exon.gatech.edu/GeneMark/meta_gmhmmp.cgi
FragGeneScan : an application for finding (fragmented) genes in short reads

http://omics.informatics.indiana.edu/FragGeneScan/
MetaGeneAnnotator : a gene-finding program for prokaryote and phage

http://metagene.nig.ac.jp/
Orphelia: metagenomic ORF finding toolhttp://orphelia.gobics.de/

Microbial diversity Analysis

MLST http://www.mlst.net/

MOTHUR http://www.mothur.org/

EstimateS http://viceroy.eeb.uconn.edu/EstimateS/

QIIME http://qiime.org/install/virtual_box.html

PHACCS http://phaccs.sourceforge.net/

Binning Composition based binning
TETRA http://www.megx.net/tetra/index.html

Phylopathia http://cbcsrv.watson.ibm.com/phylopythia.html

Sequence similiarity based binning
MEGAN http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/megan5/

Phymm http://www.cbcb.umd.edu/software/phymm/

Functional Annotation
MEX(Motif Extraction) http://adios.tau.ac.il/SPMatch/

MG-RAST http://metagenomics.anl.gov/

RAMMCAP(Rapid analysis of Multiple Metagenomes with Clustering and Annotation Pipeline)
http://weizhong-lab.ucsd.edu/rammcap/cgi-bin/rammcap.cgi

Comparitive Metagenomics
MEGAN http://metagenomics.anl.gov/

MG-RAST http://metagenomics.anl.gov/

Camera http://camera.calit2.net/#

ShotgunFunctionalizeR http://shotgun.math.chalmers.se/

MetaStats http://metastats.cbcb.umd.edu/detection.html

Galaxy https://main.g2.bx.psu.edu/u/aun1/w/metagenomic-analysis

MetaMine http://www.megx.net/metamine/

MetaLook http://www.megx.net/metalook/index.php

IMG/M http://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/m/main.cgi

Mapping to reference genome

Bowtie http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml

BWA http://bio-bwa.sourceforge.net/

SOAPZ

MCQ

Online tools for NGS data analysis

parallel Meta see

Sort-Items

PANGEA

Commercial
CLC bio genomic workbench
ERA-7

Quality analysis
FastQC
Prinseq

pipelines for analysis of viromes:

VIROME: classification of predicted open-reading frames (ORFs) from viral metagenomes

METAVIR/METAVIR 2: tools for viral metagenome comparison and assembled virome analysis