کموانفورماتیک به شیوه های مختلف تعریف شده است، و یکی از محبوب ترین آنها توسط جرج پاریس ارائه شده است، که می گوید "کموانفورماتیک یک اصطلاح عمومی است که شامل طراحی، ایجاد، سازماندهی، مدیریت، بازیابی، تجزیه و تحلیل، انتشار، تجسم، و استفاده از اطلاعات شیمیایی است".
بخش اساسی عملیات یک سیستم اطلاعات شیمیایی شامل ذخیره سازی، بازیابی، و جستجوی اطلاعات / داده ها و روابط آنها است. کموانفورماتیک به دریافت داده های شیمیایی در مقیاس بزرگ از منابع در دسترس عموم و مواد طراحی شده با ویژگی های مورد نظر کمک می کند که از طریق روش های پیش بینی خواص فیزیکی، شیمیایی یا بیولوژیکی ترکیبات، شبیه سازی طیف، تفسیر ساختار، مدل سازی واکنش، طراحی سنتز به دست می آید و با استفاده از طراحی دارو به بهینه سازی فرایند منجر شود. روش کار "اغلب" با استفاده از تعداد زیادی از مولکول های "کوچک" است که در آن #N ~ (10...100...1,000...10,000...106...1060...).
از کاربردهای اصلی ا این موضوع در زمینه های علم پزشکی برای توسعه داروهای جدید و موثر و در علم مواد تولید موادی جدید و برتر است. زمینه های دیگر که از کموانفورماتیک بهره مند می برند، شیمی کشاورزی و بیوتکنولوژی هستند. این عملیات با ذخیره سازی کلاسیک داده ها در یک کامپیوتر متفاوت است زیرا اطلاعات مربوط به سیستم اطلاعات شیمیایی عمدتا ساختاری بوده که نیاز به الگوریتم های و روش های بررسی ویژه دارند، که این بر خلاف داده های متنی می باشد.
با دسترسی به زیرساخت های محاسبات با کارایی بالا مدرن، در حال حاضر زمینه های گوناگون کموانفورماتیک از نظر سرعت و کارایی رو به رشد است. ابزارهای منبع باز در حال حاضر یک نقش محوری انقلابی در راه داده های کموانفورماتیک بازی می کنند و می توانند با توان عملیاتی بالا مدیریت شوند، و آزمایش های مورد نیاز را با قدرت محاسباتی بالا را می توان در یک محیط سیلیکو انجام داد.
الگوریتم