اولین گام در کشف یک دارو، یافتن مولکول هدف آن با کمک از تعداد زیادی الگوریتم های مشخص برای پیدا کردن ژنها و مولکولها میباشد.هنگامی که ساختارسه بعدی پروتئینهای هدف دردسترس است ، مساله به پیداشدن بهترین حالت برهمکنش بین کاندیدهای هدف احتمالی و مولکولهای کوچک پروب تبدیل میشود. اما اگر پروتئین هدف مشخص نباشد ویا ما به دنبال یافتن هدف جدید برای ترکیب دارویی خود هستیم چه روی میدهد؟ (به بیان دیگر ترکیب دارویی ما با چه پروتئینهای دیگری متصل می شود؟ )
برای حل این مشکل سه سرور معرفی می شود:
PharmMapper
http://lilab.ecust.edu.cn/pharmmapper/index.php
سرور PharmMapper یک وب سرور با دسترسی آزاد می باشد که برای شناسایی کاندیداهای هدف احتمالی برای مولکولهای کوچک پروب داده شده( داروها، محصولات طبیعی یا ترکیبات تازه کشف شدهی با تارگت اتصالی نامشخص)با استفاده از روش نقشه برداری فارماکوفور طراحی شده است. در واقع PharmMapper با بهره مندی از روش با کار آمدی بالا و نقشه برداری robust دارای توانایی بسیار بالایی برای تعیین و تشخیص کاندیدهای هدف احتمالی از پایگاه های داده را در عرض چند ساعت دارد.
Reversescreen3D
http://www.modelling.leeds.ac.uk/ReverseScreen3D/about.html
Reversescreen3D درواقع یک ابزار غربالگری مجازی معکوس است که زیرمجموعههای بروزرسانی شده بیولوژیکی مربوط به لیگاندهایی که از پایگاه داده پروتئین PDB استخراج شده است به منظور شناسایی پروتئینهای هدف احتمالی که تمایل به اتصال با ترکیبهای داده شده را دارند جستجو میکند.
Similarity ensemble approach (SEA)
روش پیداکردن گروه مشابه وابسته به پروتئین، که بر اساس شباهت شیمیایی لیگاندهای آن دسته بندی شده اند. از این روش برای جستجو در پایگاههای با تعداد ترکیبات زیاد و ساخت نقشههای تشابه هدف متقاطع میتواند استفاده شود.
همچنین مقاله مربوطه را بخوانید
"Target fishing and docking studies of the novel derivatives of aryl-aminopyridines with potential anticancer activity."
Bioorg Med Chem. 2012 Sep 1;20(17):5220-8. doi: 10.1016/j.bmc.2012.06.051. Epub 2012 Jul 11.Erić S, Ke S, Barata T, Solmajer T, Antić Stanković J, Juranić Z, Savić V, Zloh M.
docking