نصب و راه اندازی سیستم های محاسباتی
در زمينه هاي زیست شناسی محاسباتی،دینامیک مولکولی، غربالگری مجازی،فيزيک، شيمي، کوانتوم نرم‌افزارهاي کاربردي متنوعي وجود دارند كه به علت سنگين بودن محاسبات، نياز به پردازش موازي را احساس کرده اند. همين امر سبب گرديده است که شرکت هاي ارائه دهنده نرم افزار در زمينه هاي ذکر شده اقدام به توليد نسخه موازي براي برنامه هاي کاربردي خود نمايند، تا بتوانند جوابگوي نياز پردازشي کاربران خود باشند.
در شرکت پارس سیلیکو امکانات ويژه اي براي سيستم هاي مورد نياز جهت محاسبات سريع در زمينه هاي ذکر شده فراهم آورده شده است که مي تواند راهگشاي مراکز تحقيقاتي، دانشگاهي و صنعتي مرتبط باشد.
ما با بکارگیری متخصصان بومی و تراز اول کشور در این حوزه و با استفاده از تجهیزات برند های مطرح دنیا آماده ارائه محصولات و خدمات گوناگون نرم افزار و سخت افزاری می باشیم
ليست نمونه نرم افزارهاي کاربردي در زمينه هاي زیست شناسی محاسباتی، کشف و طراحی دارو، فيزيک، شيمي، کوانتوم با قابليت اجراي سريع در ادامه آورده مي شود..
· Gromacs
· NAMD
· Discovery Studio
· Gaussian
· GAMESS
· Quantum Espresso
· NWChem
· Material Studio
· Monte Carlo
پاره اي از خدماتي که امکان ارائه آنها وجود دارد به شرح زير مي باشد:
· ارائه مشاوره در زمینه سیستم های پردازشی فوق سریع و کلاسترها
· ارائه خدمات فروش، نصب و راه اندازی سیستم ها محاسباتی پیشرفته و سیستم های پردازش GPU
· ارائه خدمات نرم افزاری و سخت افزاری جهت پردازش های سنگین در زمینه های زیست شناسی محاسباتی، داروسازی و پزشکی ، فيزيک، شيمي، کوانتوم
طراحی و توسعه بانک های اطلاعاتی
در سال های اخیر همگام با پیدایش و توسعه سخت افزار ها و تکنولوژی های پایگاه داده ها روزانه تعداد فراوانی بانک های اطلاعاتی ترکیبات شیمیایی پیاده سازی و در معرض استفاده همگانی قرار میگیرند . در این میان به کار بردن روش های اصولی و استاندارد به منظور دست یابی به اهداف اساسی ذخیره سازی و بازیابی صحیح ، دقیق و با سهولت ترکیبات بیولوژیکی از درجه اهمیت بالایی برخور دار است.لذا طراحان متخصص و خبره بانک های اطلاعاتی ، مبانی و اصول نرمال سازی پايگاه داده را همواره در خلال طراحی به خاطر داشته و آن را به کار میگیرند . نرمال سازی فرآيندی در خلال طراحی پايگاه داده است كه با چهار هدف عمده ذيل دنبال می شود :
• به حداقل رسانی افزونگی اطلاعات
• به حداقل رسانی تغيير ساختار اطلاعات
• به حداقل رسانی I/O سرور به منظور کاهش تعداد تراکنش ها (Transactions)
تامین این اهداف در نهايت به حفظ يکپارچگی و سازگاری اطلاعات می انجامد که مستلزم رعایت نمودن اصول و تکنیک های فراوانی در مدلسازی و جزییات پیاده سازی بانک اطلاعاتی است.
گروه طراحی و توسعه بانک های اطلاعاتی آزمایشگاه پارس سیلیکو در همین راستا و در جهت تهیه و توسعه بانک های اطلاعاتی ترکیبات بیولوژیکی ، بیوشیمیایی و دارویی و اطلاعات ژنتیکی، امکان ارائه خدمات ذیل را با لحاظ نمودن اصول و ضوابط طراحی مطمئن و کارا ارائه می دهد.
· نگهداری اطلاعات واکنش های شیمیایی مولکولی حاوی مولکول های موقت میانی و محصولات نهایی
· تهیه و تولید اطلاعات مولکولهای کوچک همچون لیگاند و مولکولهای بزرگ همچون پروتئین و DNA
· امکان ذخیره و نمایش فرمت های استاندارد مانریس مجاورت همچون MDL، Molfile, PDB, CML
· امکان ذخیره و نمایش فرمت های خطی مولکولی همچون SMILES/SMARTS, SLN, WLN, InChI
· جستجو بر اساس کانفورمرهای گوناگون سه بعدی مولکول
· جستجو با لحاظ نمودن فیلترینگ بر روی انواع descriptorها از جمله moleculare weightو charge، solubility
· امکان جستجوی دقیق بر اساس ساختار یا با تعیین درصد مشابهت با ساختار مورد نظر با الگوریتم های مختلف Similarity
· امکان جستجوی بر روی مولکول ها بر اساس یک fragmentاز ساختار مولکولی
· امکان جستجو با مشخص نمودن sequenceخاص
· نگهداری ساختار مولکولی دوبعدی و سه بعدی بسته به نیاز و تبدیل به یکدیگر
· امکان لینک کردن و ارجاع دادن کاربران به سایر بانک های اطلاعاتی همچون Pubchemو NCBI
· امکان اجرای رابط کاربری تحت اندروید قابل استفاده روی Tabletو Mobile
· استفاده از ویرایشگر ترسیم ساختار مولکولی به صورت دوبعدی و سه بعدی
· استفاده از رابطه گرافیکی هوشمند با قابلیت راهنما و پیشنهاد خودکار
· امکان ایمپورت و اکسپورت دسته جمعی اطلاعات در قالب یک فایل XLSیا CSV
· امکان تبدیل انواع فرمت ها به یکدیگر و تولید دیتابیس یکپارچه از روی دیتابیس ها و فرمت های ناهمگون
راهنمای دوره های کارآموزی
دوره های آموزشی در حال حاضر آزمایشگاه پارس سیلیکو در زمینه های طراحی دارو، انالیز RNA seq ، بیوانفورماتیک عمومی، بیوانفورماتیک ساختاری و بیوانفورماتیک سرطان می باشد
برنامه پاییز
| برنامه هفتگی | صبح | بعد از ظهر |
|---|---|---|
| شنبه | ||
| یکشنبه | بیوانفورماتیک عمومی | |
| دوشنبه | بایو پایتون | |
| سه شنبه | بایو لینوکس | جلسات تیم پروژه |
| چهار شنبه | رفع اشکال |
طراحی دارو (گروه 1) |
| پنج شنبه | انالیز بیان ژن |
زیست شناسی سامانه ای |
| جمعه |
- دوره کارآموزی طراحی دارو
مدت دوره: 6 هفته 20 جلسه
هزینه دوره: 750 هزار تومان
شروع دوره:۱۸ بهمن ماه چهارشنبه عصر ( ظرفیت : 5 نفر )
سرفصل ها:
قدمه اي بر طراحی دارو
آشنایی با انواع روش های طراحی دارو (براساس ساختار،بر اساس لیگاند)
آشنایی با فرمت های مختلف مولکولهای شیمیایی
آشنایی با انواع دیتابیس های دارویی
آشنایی با دیتابیس های ماکرومولکولی
مبانی تئوری داکینگ، اصول غربال گري مجازي
آشنایی و آموزش روش های طراحی و بهینه سازی مولکولی
آموزش بهینه سازی و آماده سازی ماکرو مولکول
آشنایی و آموزش Autodock و Vina
آموزش داکینگ بروی پروتئین
آموزش کار با LIGPLOT
آموزش استخراج و آنالیز نتایج
آموزش استفاده از PyRx برای غربالگری مجازی
آموزش کار با LIGPLOT+
آشنایی و آموزش openbabel
آموزش غربالگری مجازی فارماکوفوری ساختار محور باZincPharmer
آموزش غربالگری مجازی فارماکوفوری لیگاند محور با PharmaGist
آموزش غربالگری مجازی بر اساس شکل ساختار محور با Pharmit
- دوره کارآموزی انالیز بیان ژن (Microarry و RNA-seq )
مدت دوره: ۶ هفته ۲۰ جلسه
هزینه دوره: ۸۵۰ هزار تومان
گروه اول: ( روز برگزاری پنجشنبه - صبح ) (ظرفیت: ۵ نفر )
شروع دوره: ۱۹بهمن ماه
سرفصل ها:
• آموزش مفاهیم آماری مرتبط با آنالیز بیان ژن انواع خطا، p-value، آزمونهای t، آزمون Z
• آشنایی با محیط نرم افزاری R، نحوه نصب پکیجها بر روی R، آموزش وارد کردن داده ها به R و نحوه گرفتن داده ها
• آموزش محاسبات آماری در R، آشنایی با برخی پکیجهای مرتبط مثل limma
• آنالیز داده های میکرواری، نحوه آنالیز داده های موجود در GEO و کشیدن نمودارهای مربوط مانند heatmap
• آشنایی مقدماتی با لینوکس و بایو لینوکس
• آشنایی با آنالیز داده های توالی یابی RNAseq، آموزش پکیج های و ابزار های مرتبط
• آموزش آنالیز RNAseq با وب سرور Galaxy
• غنی سازی ژنی
• آموزش Cytoscape
• رسم و تحلیل شبکه های هم بیانی
- دوره زیست شناسی سامانه ای
مدت دوره: ۵ هفته ۱۵ جلسه
هزینه دوره: ۷۵۰ هزار تومان
شروع دوره:۱۹ بهمن
روزهای برگزاری: پنجشنبه عصر ( ظرفیت : ۵ نفر )
- سرفصل ها:
•مقدمه ای بر زیست شناسی سامانه ای
•انالیز شبکه در زیست شناسی سامانه ای
•آموزش cytoscape
•آموزش رسم شبکه هم بیانی
•آموزش رسم شبکه دارو تارگت
•آموزش رسم شبکه پروتئین پروتئین
•آموزش رسم شبکه میکرو ار ان ای ژن
•آموزش ابزار CellDesigner و متلب
•فارماکولوژی سامانه ای دارویی
•زیست شناسی سامانه ای سرطان
•زیست شناسی سامانه ای سلول های بنیادی
•مدل سازی دینامیک در زیست شناسی سامانه ای
- دوره کارآموزی بیوانفورماتیک عمومی
مدت دوره: ۶ هفته ۱۸ جلسه
هزینه دوره: ۷۵۰ هزار تومان
شروع دوره: دی ماه
سرفصل ها:
بیوانفورماتیک مقدماتی
بیوانفورماتیک ساختاری
طراحی دارو مقدماتی
طراحی پرایمر
بایو لینوکس
سیستم بیولوژی
فیلوژنی مولکولی
و..
گروه اول : ( روز برگزاری چهارشنبه ۱۵ تا ۱۹:۳۰) (ظرفیت: 6 نفر )
- دوره کارآموزی بیوانفورماتیک ساختاری
مدت دوره: ۶ هفته ۲۰ جلسه
هزینه دوره: ۸۵۰ هزار تومان
شروع دوره: بهمن
سرفصل ها:
بیوانفورماتیک ساختاری
مدلسازی و مهندسی پروتئین
داکینگ پروتئین - لیگاند
داکینگ پروتئین - پروتئین
دینامیک مولکولی
گروه اول : ( روز برگزاریسه شنبه- عصر) (ظرفیت: 6 نفر )
- دوره کارآموزی زبان برنامه نویسی پایتون ( بایو پایتون )
مدت دوره 1 ماه 12 جلسه
هزینه دوره 450 هزار تومان
شروع دوره آذر ماه
گروه اول ( روزهای برگزاری پنجشنبه صبح )
(ظرفیت: 5 نفر )
سرفصل ها
آشنایی با زبان برنامه نویسی پایتون، اصلاحات و مفاھیم، نصب و راه اندازیپایتون و پکیج ها، نحوه استفاده از پکیج ها و کتابخانه
1 در جلسات ابتدایی، شما خواهید آموخت که چرا پایتون انتخاب مناسبی برای زیست شناس ها و مبتدیان است. همچنین می آموزید که چگونه پایتون را بر روی سیستم عامل خود نصب کنید و نیز چگونه محیط برنامه نویسی خود را تنظیم کنید. این جلسات با مرتبط کردن شما با تمام نرم افزارهای رایگان مورد نیاز شما تکمیل می شود.
2 در ادامه، شما خواهید آموخت که چگونه می توانید مانند توالی های DNA و پروتئین را دستکاری کنید و چگونه اشتباهاتتان در برنامه نویسی را برطرف کنید. مثال: محاسبه ی محتوای GC و AT، تبدیل توالی DNA و RNA به یکدیگر و پروتئین. و..
3 در بخش سوم، چگونگی خواندن و نوشتن داده ها در فایلها را فرا خواهید گرفت. همچنین می آموزید که چگونه با مسیرهای فایل ها و فرمت فایل FASTA دست و پنجه نرم کنید. مثال: تقسیم DNAی ژنومی، نوشتن یک فایل FASTA. و..
4 می آموزید که چگونه در یک برنامه واحد، قسمت های مختلف و زیادی از داده ها را پردازش کنید و با ابزارهای پیشرفته تری برای دستکاری توالی ها آشنا خواهید شد. مثال: مقایسه و الایمنت توالی ها، تریم کردن (پیرایش) توالی ها، الحاق اگزون ها. پیدا کردن موتیف ها و..
5 همچنین، خواهید آموخت که چگونه با خلق دستورالعمل های شخصی خودتان، می توانید پایتون را مفیدتر کنید و نیز بهترین راه ارزیابی آن دستورالعمل ها در جهت بالا بردن سرعت کار را فرا می گیرید. مثال: تحلیل ترکیب آمینواسیدی توالی پروتئین. ابزار تحلیل متون و مقالات موجود در pubmed و..
ثبت نام و پرداخت شهریه از طریق لینک زیر
مخاطبان دوره:
فارغ التحصیلان و دانشجویان کارشناسی، کارشناسی ارشد، و دکترای انواع گرایش های زیست شناسی، شیمی، داروسازی، پزشکی، بیوتکنولوژی پزشکی و دارویی، میکروبیولوژی، کشاورزی، ژنتیک، باکتری شناسی، ویروس شناسی، ایمونولوژی، قارچ شناسی، انگل شناسی، بیوشیمی،پزشکی مولکولی، فرآورده های بیولوژیک و محققین مشغول در تحقیقات دارویی، پزشکی و کشاورزی
برای اطلاع بیشتر لطفا از طریق شماره تلفن های آزمایشگاه با ما تماس بگیرید
موبایل: ۰۹۱۰۶۶۶۵۵۹۰
تلفن : ۰۲۱۸۸۵۹۴۱۰۴
آموزش
پژوهش
مشاوره
گزارش
فلوچارت زیر شامل راهنمای کاراموزان و علاقه مندان، جهت دستیابی به دانش کافی در زمینه های کموانفورماتیک، طراحی دارو و بیوانفورماتیک ساختاری می باشد.
این راهنما برای دانشجویان رشته های داروسازی، شیمی، رشته های زیست شناسی و تمامی علاقه مندان به مباحث طراحی دارو پیشنهاد و توصیه می شود.
-
بیوانفورماتیـک ساختاری
-
کـموانفورماتیـک
-
طراحـی دارو مقدماتی
-
طراحـی دارو پیشرفته
-
مدل سازی و مهندسی پروتئین
-
لـینوکـس
-
دینامیـک مولکولـی
-
کیوسـار
-
یادگیـری ماشیـن
-
زبان برنامه نویسی پایتون
فلوچارت زیر شامل راهنمای کاراموزان وعلاقه مندان، جهت دستیابی به دانش در زمینه های ژنومیکس و انالیزهای پیشرفته ژنوم می باشد.
این راهنما برای دانشجویان رشته های پزشکی، ژنتیک، بیوتکنولوژی، تمامی گرایش های زیست شناسی و تمامی علاقه مندان به مباحث ژنومیکس پیشنهاد و توصیه می شود.
-
بیوانفورماتیـک عمومـی
-
طراحی پرایـمر پیشرفته
-
بایـو لینوکـس
-
فـیلوژنــی مولکولـی
-
ژنتیــک جمعیــت
-
انالیـز بیـان ژن
-
انالیـز توالـی یابی نسـل جدید
-
انالیز مسیـر و شبکه های زیستـی
-
بیوانفورماتیـک سـرطــان
-
زبان برنامه نویسی پایتون و R
بارگذاری...