Next-Generation Sequencing
کارگاه آموزشی Next-Generation Sequencing & Data Analysis
مدت دوره: 12 ساعت 8 جلسه
هزینه دوره:
شروع دوره:
سرفصل و محتوای دوره:
NGS Technologies
Introduction to sequencing technologies
Common NGS data analysis issues
Applications of sequencing technologies
Introduction to NGS data analysis
Raw sequence files
Preprocessing of raw reads
Read mapping
Mapping output
Variant calling
Variant annotation
Practical Bioinformatics (with Linux)
1. Hands on Linux
2. Introduction to Variant Discovery
3. Pre-Processing
4. Germline variant discovery
5. Somatic mutation detection
6. Sequence data basics
7. Germline SNP & InDels
8. Variant Filtering
9. Somatic SNPs & InDels
10.Somatic CNVs
Applications of sequencing technologies
Requirements
Basic understanding of molecular biology (DNA, RNA, gene expression, ...)
For the Introduction to NGS Data Analysis and downstream courses: basic linux & bioinformatics knowledge (shell usage, common commands and tools).
QSAR
دوره آموزشی QSAR کیوسار
مدت دوره: 12 ساعت 8 جلسه
هزینه دوره:
تاریخ جلسات دوره:
سرفصل و محتوای دوره:
مقدمه، بخش اول مقدمه اي بر طراحی دارو و آشنایی با انواع روش های طراحی دارو (براساس ساختار،بر اساس لیگاند) (1 جلسه)، QSARچیست؟، انواع روش های QSAR، کاربردهای QSAR، ارائه نمونه پروژ ه های تحقیقاتی و مقالات موفق در این زمینه (2 ساعت)، آشنایی و آموزش روش های طراحی و رسم مولکولی (2 جلسه) بخش سوم ،آشنایی با انواع توصیف کننده های مولکولی و آموزش نحوه محاسبه آنها (3 جلسه)، آشنایی با روش های مدلسازی (این بخش، به صورت تعامل با مخاطبان ارائه خواهد شد)، آموزش روش های ارزیابی مدل آنالیز و تفسیر مدل های QSAR (این بخش، به صورت تعامل با مخاطبان ارائه خواهد شد)
اهداف :
ایجاد توانایی در مخاطبان به منظور آشنایی با تکنیک های طراحی دارو، آشنایی با انواع روش های QSAR، شناسایی انواع مدل های QSARو توانایی در آنالیز و تفسیر مدل های QSAR ، توانایی در استخراج داده ها از تحقیقات و مقالات ، طراحی و بکارگیری روش QSARدر جهت کشف و طراحی دارو جدید
مخاطبان دوره:
فارغ التحصیلان و دانشجویان کارشناسی، کارشناسی ارشد، و دکترای انواع گرایش های شیمی، بیوتکنولوژی پزشکی و دارویی، میکروبیولوژی، کشاورزی، ژنتیک،باکتری شناسی، ویروس شناسی، ایمونولوژی، قارچ شناسی، انگل شناسی، بیوشیمی،فرآورده های بیولوژیک،زیست شناسی، پزشکی و محققین مشغول در تحقیقات دارویی پزشکی و کشاورزی
توجه: برای شرکت کنندگان برگزیده در این دوره پروژه تحقیقاتی مشترک در نظر گرفته خواهد شد.
بیوانفورماتیک برای ژنومیک سرطان
دوره آموزشی بیوانفورماتیک برای سرطان
مدت دوره: 12 ساعت 8 جلسه
هزینه دوره:
تاریخ جلسات دوره:
سرفصل و محتوای دوره:
مقدمه بر ژنتیک سرطان. اشنایی و آموزش کار با دیتابیس های ICGC portal, TCAG, COSMIC, dbSNP,. معرفی و اموزش وب تولز های IGV و UCSC
مخاطبان دوره:
فارغ التحصیلان و دانشجویان کارشناسی، کارشناسی ارشد، و دکترای انواع گرایش های شیمی، بیوتکنولوژی پزشکی و دارویی، میکروبیولوژی، کشاورزی، ژنتیک،باکتری شناسی، ویروس شناسی، ایمونولوژی، قارچ شناسی، انگل شناسی، بیوشیمی،فرآورده های بیولوژیک،زیست شناسی، پزشکی و محققین مشغول در تحقیقات دارویی پزشکی و کشاورزی
توجه: برای شرکت کنندگان برگزیده در این دوره پروژه تحقیقاتی مشترک در نظر گرفته خواهد شد.
بیوانفورماتیک عمومی
دوره آموزشی بیوانفورماتیک عمومی
مدت دوره: 6 ساعت 4 جلسه
هزینه دوره:
شروع دوره:
موضوعاتی که در دوره آموزشی بیوانفورماتیک عمومی پوشش داده می شود شامل:
| مقدمه ای بر بیوانفورماتیک، بیوانفورماتیک و رابطه آن با زیست مولکولی، کاربردهای بیوانفورماتیک | |
| آشنایی با انواع فرمت ها توالی های بیو مولکولی (GenBank, FASTA, GCG, MSF) | |
| آشنایی با دیتابیس های توالی نوکلئیک اسید (GenBank, EMBL, DDBJ) | |
| دیتابیس های ژنومی(NCBI, EBI, TIGR, SANGER) | |
| آشنایی با دیتابیس های توالی پروتئینی(Uniprot-KB: SWISS-PROT, TrEMBL, PIR-PSD) | |
| دیتابیس های ساختار سه بعدی(PDB, NDB)، دیتابیس های ساختارهای شیمیایی(Pubchem, Drugbank,Chemspider) |
برای ثبت نام در دورهای آموزشی بر روی لینک زیر کلیک بفرمایید
دوره آموزشی فیلوژنی مولکولی
مدت دوره: 12 ساعت 8 جلسه
هزینه دوره:
تاریخ جلسات دوره:
سرفصل و محتوای دوره:
مقدمه، آشنایی با فیلوژنی مولکولی، اصلاحات و مفاھیم آن (1 جلسه)،نحوه و روش های علمی استخراج داده های توالی نوکلئوتیدی و پروتئینی از پایگاههای UniproKB و NCBIه، (1 جلسه)، آموزش نرم افزار CLC Sequence viewer و Bioedit و الگوریتم های همردیفی . (2 جلسه) آشنایی و آموزش نحوه ترسیم درخت فیلوژنی و انواع الگوریتم های ان (2 جلسه) آنالیزهای تشابه و فاصله تکاملی با برنامه و سرورها (این بخش، به صورت تعامل با مخاطبان ارائه خواهد شد)، آموزش جامع برنامه MEGA ، نحوه استخراج و آنالیز نتایج،نحوه ارایه نتایج در مقالات (این بخش، به صورت تعامل با مخاطبان ارائه خواهد شد)
اهداف :
ایجاد توانایی در مخاطبان به منظور آشنایی با تکنیک های فیلوژنی مولکولی، آشنایی با انواع روش های رسم درخت فیلوژنی، توانایی در آنالیز و تفسیر نتایج فیلوژنی ، توانایی در طراحی و تعریف پروژه های تحقیقاتی فیلوژنی مولکولی
مخاطبان دوره:
فارغ التحصیلان و دانشجویان کارشناسی، کارشناسی ارشد، و دکترای انواع گرایش های زیست شناسی ، بیوتکنولوژی پزشکی و دارویی، میکروبیولوژی، کشاورزی، ژنتیک،باکتری شناسی، ویروس شناسی، ایمونولوژی، قارچ شناسی، انگل شناسی، بیوشیمی،فرآورده های بیولوژیک،زیست شناسی، پزشکی و محققین مشغول در تحقیقات دارویی، پزشکی و کشاورزی
توجه: برای شرکت کنندگان برگزیده در این دوره پروژه تحقیقاتی مشترک در نظر گرفته خواهد شد.
دینامیک مولکولی
دوره آموزشی شبیه سازی دینامیک مولکولی
مدت دوره: 10 ساعت 6 جلسه
هزینه دوره:
شروع دوره:
سرفصل و محتوای دوره:
مقدمه اي بر دینامیک مولکولی و بیان کاربرد های آن در علوم مختلف
معرفی و آموزش سیستم عامل لینوکس، اجرای دستورات پر کاربرد لینوکس
آشنایی با مبانی دینامیک مولکولی ( میدان نیرو، شرایط مرزی متناوب، گام زمانی و شعاع قطع ....)
اشنایی و معرفی انواع پکیج های شبیه سازی دینامیک مولکولی AMBER، GROMACS، NAMD و ..
آماده سازی فایلهای ورودی (فایل¬های ساختاری pdb و gro) برای استفاده در GROMACS،
آشنایی با محیط نرم افزار GROMACS و بخش های مختلف آن
انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین لیگاند : ایجاد جعبه شبیه سازی برای ساختار مورد نظر و حلال پوشی آن ، حداقل رسانی انرژی، تعادل رسانی ساختار مورد مطالعه، بررسی خواص کنترلی و نمونه برداری
تجزیه و تحلیل نتایج حاصل از شبیه سازی دینامیک مولکولی
آموزش نرم افزار کمکی VMD
اهداف :
ایجاد توانایی در مخاطبان به منظور استفاده از تکنیک دینامیک مولکولی، آشنایی با انواع کاربردهای ذینامیک مولکولی، ایجاد توانایی در مخاطبان جهت شبیه سازی سیستم های زیستی ساده و پیچیده، توانایی در شناسایی انواع خطاها و رفع موانع در هنگام اجرا برنامه، توانایی در آنالیز و تفسیر نتایج دینامیک مولکولی،
مخاطبان دوره:
فارغ التحصیلان و دانشجویان کارشناسی، کارشناسی ارشد، و دکترای انواع گرایش های شیمی، بیوتکنولوژی پزشکی و دارویی، میکروبیولوژی، کشاورزی، ژنتیک،باکتری شناسی، ویروس شناسی، ایمونولوژی، قارچ شناسی، انگل شناسی، بیوشیمی،فرآورده های بیولوژیک،زیست شناسی، پزشکی و محققین مشغول در تحقیقات دارویی پزشکی و کشاورزی
توجه: برای شرکت کنندگان برگزیده در این دوره پروژه تحقیقاتی مشترک در نظر گرفته خواهد شد
ثبت نام و پرداخت شهریه از طریق لینک زیر
زبان برنامه نویسی R
مدت دوره: 8 جلسه 12 ساعت
هزینه دوره:
تاریخ جلسات :
R به سرعت در حال تبدیل شدن به مهم ترین زبان برنامه نویسی برای هر دو، زیست شناسان تجربی و محاسباتی است .به خوبی طراحی شده است، بسیار کارآمد و به طور گسترده ای مورد استفاده قرار می گیرد و دارای یک پایگاه بسیار زیادی از همکاران و کاربرانی است که که قابلیت های جدید برای تمام جنبه های مدرن از تجزیه و تحلیل داده ها و تجسم را به آن اضافه میکنند. علاوه بر آن رایگان و منبع باز است. با این حال، با توجه به کاربرد ها و توانایی های R استفاده از ان بدون داشتنن پیش زمینه و راهنمایی کافی در ابتدا می تواند مشکل باشد
در این دوره سعی ما بر این است که با دید زیست شناسی و پزشکی، ابزار ها وکاربرد های اصلی R را معرفی و آموزش دهیم .
سرفصل و محتوای دوره:
دانلود، نصب و آشنایی با محیط نرم افزار R.
دانلود، نصب و آشنایی با محیط نرم افزار R.studio.
شنایی با ساختار داده در نرم افزار و وارد کردن داده‌ها
مراجع، راهنما و دسترسی به سایت های پشتیبان
آشنایی با توابع اولیه
توابع ریاضی و آماری و کاراکتری
حلقه‌های تکرار و اجرای شرطی تعریف تابع توسط کاربر
روشهای ادغام و تغییر شکل مجموعه داده‌ها
انتخاب و حذف متغیرها
نوشتن توابع جدید برای استفاده در پروژها
نصب و استفاده از بسته های نرم افزاری
نمودارهای میله‌ای، جعبه‌ای، دایره‌ای و پراکنش
ترکیب نمودارهای مختلف در یک نمودار
افزودن متن و عناوین، کنترل ابعاد نمودار
آماره‌های توصیفی، جداول فراوانی و پیشایندی
همبستگی و وابستگی
آزمون t و آماره‌های ناپارامتریک
برازش و تفسیر مدلهای ANOVA
رگرسیون یک متغیره و چند متغیره
رگرسیون لجستیک
خوشه بندی سلسله مراتبی
مخاطبان دوره:
فارغ التحصیلان و دانشجویان کارشناسی، کارشناسی ارشد، و دکترای انواع گرایش های زیست شناسی ، بیوتکنولوژی پزشکی و دارویی، پزشکی مولکولی، میکروبیولوژی، کشاورزی، ژنتیک،باکتری شناسی، ویروس شناسی، ایمونولوژی، قارچ شناسی، انگل شناسی، بیوشیمی،فرآورده های بیولوژیک،زیست شناسی، پزشکی و محققین مشغول در تحقیقات دارویی، پزشکی و کشاورزی
زبان برنامه نویسی پایتون
مدت دوره: 12 ساعت 8 جلسه
هزینه دوره:
شروع دوره:
زبان پایتون ، زبان برنامه نویسی آکادمیکی است که به دلیل قابلیت ها، Open source بودن و کتابخانه هایی که در حوزه بیوانفورماتیک برای آن فراهم شده است، کاربرد بسیاری در این حوزه یافته است. برنامه نویسی و توسعه برنامه های بیوانفورماتیکی، صنعت جدید و رو به رشدی است که توجه بسیاری را به خود جلب نموده است. زبان پایتون به دلیل روان بودن، قدرت برنامه نویسی و امکانات خاص خود، پیاده سازی الگوریتمهای زیستی، تحلیل داده های زیستی، دسترسی به بانک های اطلاعاتی و برنامه نویسی برنامه های کاربردی را برای متخصصان بیولوژی و بیوانفورماتیک را فراهم نموده است. با توجه به نیاز خاصی که در زمینه بیوانفورماتیک به برنامه نویسی پایتون وجود دارد، سعی ما بر این است که در این دوره با دیدی کاربردی ، زبان برنامه نویسی پایتون را آموزش و کاربرد های آ ن را معرفی نماییم .
پایتون یک زبان خوانا و پویا و پلتفرم محبوبی برای انواع کارهای بیوانفورماتیکی است، از اسکریپتهای ترکیبی ساده گرفته تا پروژهای بزرگ و پیچیده نرم افزاری. این کارگاه برای افرادی طراحی شده است که کاملا مبتدی هستند و هیچ تجربه ی برنامه نویسی قبلی ندارند. این کارگاه یک دید کلی و جامع از این زبان را فراهم می آورد و بر روشهای حل مسئله ی عملی، استفاده از مثال ها و تمرین های چندوجهی، تاکید می ورزد. بعد از پایان این کارگاه، دانشجویان در جایگاهی قرار میگیرند که می توانند (1) مهارت هایی را که فراگرفته اند را در حل مشکلات پژوهش های خودشان به کار گیرند و (2) آموزش پایتون را در جهتی که خودشان انتخاب می کنند، ادامه دهند. تمام پیش نیازهای این دوره (شامل نسخه های دروس ارائه شده، تمرینات عملی، فایل های داده و اسکریپتهای آموزشی که توسط تیم آموزش آماده شده برای شرکت کنندگان به صورت الکترونیکی در دسترس قرار خواهد گرفت.
قابلیت های بایو پایتون:
ارتباط و دسترسی به دیتابیس های ExPASy NCBI SCOP و دریافت اطلاعات
یا sequence annotations sequence alignment,
protein structure
, population genetics, phylogenetics,
sequence motifs ..
سرفصل و محتوای دوره:
مقدمه، آشنایی با زبان برنامه نویسی پایتون، اصلاحات و مفاھیم ، نحوه استفاده از پکیج ها و کتابخانه ،
مخاطبان دوره:
فارغ التحصیلان و دانشجویان کارشناسی، کارشناسی ارشد، و دکترای انواع گرایش های زیست شناسی ، بیوتکنولوژی پزشکی و دارویی، پزشکی مولکولی، شیمی، میکروبیولوژی، کشاورزی، ژنتیک،باکتری شناسی، ویروس شناسی، ایمونولوژی، قارچ شناسی، انگل شناسی، بیوشیمی،فرآورده های بیولوژیک،زیست شناسی، پزشکی و محققین مشغول در تحقیقات دارویی، پزشکی و کشاورزی
طراحی دارو مقدماتی
دوره آموزشی طراحی دارو مقدماتی (غربالگری مجازی و داکینگ مولکولی)
مدت دوره: 8 جلسه 12 ساعت
هزینه دوره:
تاریخ کارگاه :
سرفصل و محتوای دوره:
مقدمه اي بر طراحی دارو
آشنایی با انواع روش های طراحی دارو (براساس ساختار،بر اساس لیگاند)
مبانی تئوری داکینگ، اصول غربال گري مجازي
آشنایی و آموزش روش های طراحی و بهینه سازی مولکولی
آشنایی با دیتابیس های ماکرومولکولی، آموزش بهینه سازی و آماده سازی ماکرو مولکول
آشنایی و آموزش Autodock و Vina
آموزش داکینگ بروی پروتئین
آموزش کار با LIGPLOT
آموزش استخراج و آنالیز نتایج
اهداف :
ایجاد توانایی در مخاطبان به منظور آشنایی با تکنیک های طراحی دارو، آشنایی با انواع روش های داکینگ، توانایی در آنالیز و تفسیر نتایج داکینگ ، توانایی در طراحی و تعریف پروژه های تحقیقاتی طراحی دارو ، طراحی و بکارگیری روش داکینگ در جهت کشف و طراحی دارو جدید
مخاطبان دوره:
فارغ التحصیلان و دانشجویان کارشناسی، کارشناسی ارشد، و دکترای انواع گرایش های شیمی، بیوتکنولوژی پزشکی و دارویی، پزشکی مولکولی، میکروبیولوژی، کشاورزی، ژنتیک،باکتری شناسی، ویروس شناسی، ایمونولوژی، قارچ شناسی، انگل شناسی، بیوشیمی،فرآورده های بیولوژیک،زیست شناسی، پزشکی و محققین مشغول در تحقیقات دارویی، پزشکی و کشاورزی
طراحی دارو پیشرفته
دوره آموزشی طراحی دارو پیشرفته( فارماکوفور ,.. )
مدت دوره: 9 ساعت 6 جلسه
هزینه دوره:
شروع دوره:
سرفصل و محتوای دوره:
مقدمه، بخش اول: مقدمه ای بر روش های غربالگری فارماکوفوری لیگاند محور و ساختار محور، آموزش OPENBABEL،آموزش غربالگری مجازی فارماکوفوری ساختار محور باZincPharmer .آموزش غربالگری مجازی فارماکوفوری لیگاند محور با PharmaGist ه بخش سوم ،آموزش غربالگری مجازی بر اساس شکل Shape based با Pharmit
اهداف :
ایجاد توانایی در مخاطبان به منظور آشنایی با تکنیک های طراحی دارو، آشنایی با انواع روش های غربالگری مجازی، توانایی در آنالیز و تفسیر نتایج ، توانایی در طراحی و تعریف پروژه های تحقیقاتی طراحی دارو ، طراحی و بکارگیری روش های بر مبنای فارمافوکور در جهت کشف و طراحی دارو جدید
مخاطبان دوره:
فارغ التحصیلان و دانشجویان کارشناسی، کارشناسی ارشد، و دکترای انواع گرایش های شیمی، بیوتکنولوژی پزشکی و دارویی، میکروبیولوژی، کشاورزی، ژنتیک،باکتری شناسی، ویروس شناسی، ایمونولوژی، قارچ شناسی، انگل شناسی، بیوشیمی،فرآورده های بیولوژیک،زیست شناسی، پزشکی و محققین مشغول در تحقیقات دارویی، پزشکی و کشاورزی
توجه: برای شرکت کنندگان برگزیده در این دوره پروژه تحقیقاتی مشترک در نظر گرفته خواهد شد.
طراحی واکسن
دوره آموزشی ایمونوانفورماتیک (طراحی واکسن)
مدت دوره: 12 ساعت 8 جلسه
هزینه دوره:
تاریخ برگزاری دوره:
سرفصل و محتوای دوره:
| آشنایی یا ایمونوانفورماتیک و بیوانفورماتیک ساختاری پروتئین ها | 1 جلسه |
| آشنایی با پایگاههای داده های اختصاصی و عمومی ایمونوانفورماتیک و بیوانفورماتیک | 1 جلسه |
| شبیه سازی و مدلینگ ساختارهای پروتئینی جهت آنالیزهای ایمونوانفورماتیک | 1 جلسه |
| نحوه استخراج و بهینه سازی پروتئین ها و داکینگ پروتئین-پروتئین | 1 جلسه |
| پیشگویی اپی توپ های سلولT | 1 جلسه |
| پیشگویی اپی توپ های خطی و فضایی سلول B | 1 جلسه |
| طراحی واکسن های پپتیدی (پلی توپی، اپی توپی) | 1 جلسه |
| طراحی واکسن های کایمریک و واکسن های معکوس | 1 جلسه |
مخاطبان دوره:
فارغ التحصیلان و دانشجویان کارشناسی، کارشناسی ارشد، و دکترای انواع گرایش های شیمی، بیوتکنولوژی پزشکی و دارویی، میکروبیولوژی، کشاورزی، ژنتیک،باکتری شناسی، ویروس شناسی، ایمونولوژی، قارچ شناسی، انگل شناسی، بیوشیمی،فرآورده های بیولوژیک،زیست شناسی، پزشکی و محققین مشغول در تحقیقات دارویی پزشکی و کشاورزی
برای ثبت نام در دورهای آموزشی بر روی لینک زیر کلیک بفرمایید
طراحی پیشرفته پرایمر
کارگاه آموزشی طراحی پیشرفته پرایمر
هزینه کارگاه :
سرفصل ها و مطالبی که در کارگاه طراحی پرایمر ارایه خواهند شد.
1- آشنایی تئوری و عملی با پایگاه داده ها و نحوه اخذ توالی مورد نظر با توجه به اهداف مختلف برای طراحی پرایمر
2- آموزش تئوری و عملی اصول طراحی پرایمر برای تکثیر قطعات جهت بررسی تغییرات موجود در DNA با استفاده از برنامه های رایج در این زمینه شامل پرایمر 3 و وکتور NTI و ...
3- بررسی خصوصیات فیزیکوشیمیایی و اختصاصیت پرایمرهای طراحی شده با استفاده از برنامه و سرورهای های رایج در این زمینه نظیر الیگو انالایزر، وکتور NTI و ...
4- آموزش تئوری و عملی طراحی پرایمر و ایجاد تغییرات انتهایی جهت انجام روشهای مختلف کلونینگ ژن با استفاده از برنامه وکتور NTI
5- آشنایی با اصول سیستم های مختلف ویرایش ژنوم نظیر ZFN، TALEN و CRISPR/CAS و آموزش تئوری و عملی طراحی پرایمر و روشهای مختلف بررسی قطعات ویرایش شده ژنومی
6- آموزش تئوری و عملی طراحی پرایمر و پروب برای مطالعات بیان ژن با استفاده از برنامه های رایج در این زمینه.
متقاضیان محترم لطفا، مبلغ ثبت نام خود را به شماره کارت 6037991874526944 بانک ملی به نام آقای محسن یزدانی واریز نموده , و سپس فرم ثبت نام را تکمیل فرمایند
آدرس محل برگزاری:
تهران - بزرگراه شهید چمران میدان شهید شهریاری -بلوار دانشجو - خیابان کودکیار - دانشکده پزشکی دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی
لینوکس برای زیست شناسی
مدت کارگاه: 4 جلسه 8 ساعت
تاریخ کارگاه :
هزینه دوره:
سرفصل و محتوای دوره:
مقدمه، آشنایی با لینوکس اموزش نصب بایو لینوکس اشنایی و معرفی محیط بایو لینوکس، اصلاحات و مفاھیم، آموزش دستورهای پرکاربرد در لینوکس ، آموزش نصب پکیج در لینوکس. معرفی نرم افزارهای پر کاربرد بیوانفورماتیک در لینوکس. و...
مخاطبان دوره:
فارغ التحصیلان و دانشجویان کارشناسی، کارشناسی ارشد، و دکترای انواع گرایش های زیست شناسی، شیمی،داروسازی، بیوتکنولوژی پزشکی و دارویی، میکروبیولوژی، کشاورزی، ژنتیک،باکتری شناسی، ویروس شناسی، ایمونولوژی، قارچ شناسی، انگل شناسی، بیوشیمی،فرآورده های بیولوژیک،زیست شناسی، پزشکی و محققین مشغول در تحقیقات دارویی، پزشکی و کشاورزی
مدل سازی و مهندسی پروتئین
دوره آموزشی مدل سازی و مهندسی پروتئین
هزینه دوره:
تاریخ جلسات دوره:
پکیج آموزشی شامل نرم افزار های کاربردی و اسلاید های آموزشی دوره تقدیم کارآموز خواهد شد
سرفصل و محتوای دوره:
مقدمه، بخش اول مقدمه اي بر بیوانفورماتیک ساختاری و آشنایی با پایگاههای داده ساختاری پروتئین (1 جلسه)، آنالیز های توالی و ساختار پروتئینی با استفاده ازنرم افزارها و وب سرورهای مربوطه ، (1 ساعت)، آشنایی با مدل سازی ساختار پروتئین و انواع روش های پیشگویی و مدل سازی ساختار دوم و سوم پروتئین ها (2 جلسه) بخش سوم ،آشنایی با تکنیک همولوژی مدلینگ (1 جلسه)، کار با نرم افزار مدلر و وب سرور ها جهت پیشگویی ساختار دوم و سوم (بخش، به صورت تعامل با مخاطبان ارائه خواهد شد)، بهینه سازی واعتبار سنجی کیفیت مدل شبیه سازی شده، (این بخش، به صورت تعامل با مخاطبان ارائه خواهد شد) بیان منطق ایجاد جهش و تغییرات در ساختار پروتئین، نحوه انجام تغییرات، جهش، پیرایش، تکه تکه کردن (truncation) و اتصال ساختارهای سه بعدی پروتئینی، آشنایی و معرفی دیتابیس های PPI (این بخش، به صورت تعامل با مخاطبان ارائه خواهد شد)آشنایی با مهندسی پروتئین، آشنایی و آموزش روش های جهش زایی، داکینگ پروتئین- پروتئین با نرم افزار ها و وب سرور های مربوطه (1 جلسه)
مخاطبان دوره:
فارغ التحصیلان و دانشجویان کارشناسی، کارشناسی ارشد، و دکترای انواع گرایش های شیمی، بیوتکنولوژی پزشکی و دارویی، پزشکی مولکولی، میکروبیولوژی، کشاورزی، ژنتیک،باکتری شناسی، ویروس شناسی، ایمونولوژی، قارچ شناسی، انگل شناسی، بیوشیمی،فرآورده های بیولوژیک،زیست شناسی، پزشکی و محققین مشغول در تحقیقات دارویی پزشکی و کشاورزی
کارگاه جستجوی داده ها برای کشف بایومارکرهای miRNA
دوره آموزشی بایومارکرهای miRNA
مدت دوره: 6 ساعت 4 جلسه
هزینه دوره:
شروع دوره:
سرفصل ها:
مقدمه :
1- معرفی انواع بایومارکر:
2- معرفی دیتابیسهای قابل دسترسی برای شناسایی بایومارکر miRNA
3- معرفی روشهای بایواینفورماتیک مرتبط با شناسایی بایومارکر miRNA
پیدا کردن بیومارکر miRNA به صورت عملی
1- آشنایی با پیداکرن بایومارکر از مقالات بایومدیکال
2- آشنایی با شناسایی بایومارکر از miRNAome دیتاستها
3- آشنایی با نحوه بررسی شبکه های ژنی مرتبط با بایومارکر miRNA
4- پیداکردن بایومارکر با تکیه بر یک Case study
مخاطبان دوره:
فارغ التحصیلان و دانشجویان کارشناسی، کارشناسی ارشد، و دکترای انواع گرایش های شیمی، بیوتکنولوژی پزشکی و دارویی، میکروبیولوژی، کشاورزی، ژنتیک،باکتری شناسی، ویروس شناسی، ایمونولوژی، قارچ شناسی، انگل شناسی، بیوشیمی،فرآورده های بیولوژیک،زیست شناسی، پزشکی و محققین مشغول در تحقیقات دارویی، پزشکی و کشاورزی
مقدمه :
1- معرفی انواع بایومارکر:
2- معرفی دیتابیسهای قابل دسترسی برای شناسایی بایومارکر miRNA
3- معرفی روشهای بایواینفورماتیک مرتبط با شناسایی بایومارکر miRNA
پیدا کردن بیومارکر miRNA به صورت عملی
1- آشنایی با پیداکرن بایومارکر از مقالات بایومدیکال
2- آشنایی با شناسایی بایومارکر از miRNAome دیتاستها
3- آشنایی با نحوه بررسی شبکه های ژنی مرتبط با بایومارکر miRNA
4- پیداکردن بایومارکر با تکیه بر یک Case study
کموانفورماتیک (غربالگری مجازی)
کارگاه آموزشی کموانفورماتیک (غربالگری مجازی)
مدت دوره: 4 جلسه 8 ساعت
هزینه دوره:
تاریخ برگزار کارگاه :
سرفصل و محتوای دوره:
اصول غربال گري مجازي ، آشنایی با فرمت های مختلف مولکولهای شیمیایی ، آشنایی با انواع دیتابیس های دارویی، ،اموزش داک flaxible، داکینگ برروی DNA ، آموزش استفاده از PyRx برای غربالگری مجازی ،آموزش کار با LIGPLOT+ ، آشنایی و آموزش openbabel،
اهداف :
ایجاد توانایی در مخاطبان به منظور آشنایی با تکنیک های طراحی دارو، آشنایی با انواع روش های داکینگ، توانایی در آنالیز و تفسیر نتایج داکینگ ، توانایی در طراحی و تعریف پروژه های تحقیقاتی طراحی دارو ، طراحی و بکارگیری روش داکینگ در جهت کشف و طراحی دارو جدید
مخاطبان دوره:
فارغ التحصیلان و دانشجویان کارشناسی، کارشناسی ارشد، و دکترای انواع گرایش های شیمی، بیوتکنولوژی پزشکی و دارویی، میکروبیولوژی، کشاورزی، ژنتیک،باکتری شناسی، ویروس شناسی، ایمونولوژی، قارچ شناسی، انگل شناسی، بیوشیمی،فرآورده های بیولوژیک،زیست شناسی، پزشکی و محققین مشغول در تحقیقات دارویی، پزشکی و کشاورزی
توجه: برای شرکت کنندگان در دوره های طراحی دارو مقدماتی و پیشرفته پروژه تحقیقاتی مشترک در نظر گرفته خواهد شد.
کیوسار 3 بعدی
دوره آموزشی کیوسار 3 بعدی
هزینه کارگاه:
تاریخ برگزاری کارگاه:
مدت کارگاه: 8 جلسه 12 ساعت
سرفصل ها:
- الزامات مدل کیوسار سه بعدی،
- مروری بر مقالات چاپ شده و معرفی گروه های پیشرو در دانشگاه های مختلف
- انواع روش های کیوسار سه بعدی،
- تئوری روش کومفا و کومسیا
- مراحل کلی روش کیوسار سه بعدی
- توصیف کننده های مولکولی،
- تعریف میدان های انرژی و محاسبه آنها
- آماده سازی مجموعه داده ها،
- رسم و انواع فرمت های مولکول،
- بهینه کردن ساختار و انرژی
- معرفی پارامترهای موثر در کیوسار سه بعدی و نقش آنها
- تفسیر مدل کومفا
- ارزیابی ماتریس داده ها و روش های انتخاب متغیر
- مدلسازی به روش PLS
- روش های ارزیابی مدل و پارامترهای آماری
- نمایش گرافیکی مدل کیوسار سه بعدی
- آشنایی با نرم افزار Sybyl
- تفسیر مدل کیوسار سه بعدی و برهمکنش های اختصاصی
مخاطبان دوره:
فارغ التحصیلان و دانشجویان کارشناسی، کارشناسی ارشد، و دکترای انواع گرایش های شیمی، بیوتکنولوژی پزشکی و دارویی، میکروبیولوژی، کشاورزی، ژنتیک،باکتری شناسی، ویروس شناسی، ایمونولوژی، قارچ شناسی، انگل شناسی، بیوشیمی،فرآورده های بیولوژیک،زیست شناسی، پزشکی و محققین مشغول در تحقیقات دارویی، پزشکی و کشاورزی
بارگذاری...