Dynamical system سیستم های پویا مجموعه ای از اجزایی است که خواص آن ها (بطور مثال. مقدارشان، سطح فعالیت و غیره) در زمان تغییر می کند .و این تغییر به علت اینتراکشن بین خود اجزا و یا تحت تاثیر نیرو های خارجی اعمال می شود.
Node
یا گره شبکه یک جزء اصلی تشکیل دهنده شبکه می باشد. در شبکه های بیولوژیکی اغلب به عنوان گونه های مولکولی شناخته می شوند (بطور مثال، ژن، انواع RNA، پروتئین و..).
Interaction
برهم کنش ارتباط بین گره های شبکه است. در شبکه های بیولوژیکی برهم کنش بدان معنی است که دو گره بطور شیمیایی با هم واکنش دهند، یکدیگر را تنظیم کنند، و یا به طور موثر فعالیت های یکدیگر را تحت تاثیر قرار دهند.برهم کنش عمدتا دو به دو هستند ، اما می توان مرتبه بالاتر هم باشند و همچنین. آنها می توانند جهت دار یا بدون جهت باشند و معمولا به واسطه یک اینتراکشن قوی توصیف می شوند.
Network
شبکه یک سیستم از اینتراکشن گره ها است. یک شبکه می تواند به صورت ریاضی مانند یک گراف نمایش داده شود، که در آن رئوس این گراف گره ها می باشند و یال ها نشان دهنده ارتباط بین گره ها است . شبکه های بیولوژیکی اغلب به عنوان سیستم های دینامیکی شناخته می شوند.
Network state
وضعیت شبکه، برداری از فعالیت های همه گره های هستند که به طور کامل شبکه را در هر مقطعی از زمان توصیف می کند. از آنجا که یک شبکه بیولوژیک یک سیستم دینامیکی است، وضعیت شبکه، با توجه به مجموعه ای از معادلات دینامیکی، عموما در طول زمان تغییر می کند.
Pathway
مسیر، یک زیر مجموعه از گره ها و برهمکنشهای (یال ها) در یک شبکه است در امتداد آن اطلاعات یا انرژی و ماده در یک مسیر جهت دار جریان دارد.
Network