مقدمه ای بر شبکه های زیستی

ü     هدف اصلی در سیستم بیولوژِی این است که قادر به فهم و تغییر در مکانیسم های مولکولی زیربنایی سیستم های زیستی باشیم

1.        اندازه گیری پاسخ های در سطح مولکولی و دیگر خروجی های سیستم های زیستی و شبکه ها

2.        فرموله کردن شبکه های زیستی به زبان ریاضی

3.        بازسازی مدل های شبکه زیستی، حاصل از داده های تجربی و یا اطلاعات پایگاه داده

4.        به روش محاسباتی پیش بینی می کند که  یک شبکه، تحت شرایط آزمایشی جدید، چگونه رفتار می کند

5.        تست و آزمایش پیش بینی های محاسباتی بصورت تجربی و آزمایشگاهی

6.        بفهمیم در یک بیماری کدام مکانیسم های شبکه تغییر کرده است.

7.        طراحی "داروها، شرایط خارجی، محیط های مصنوعی و یا مولکول ها" برای ایجاد تغییرات در شبکه های زیستی

8.        ....

مقدمه ای بر شبکه های زیستی

ü     در گذشته، تکنیک های سنتی آزمایشگاهی برروی  برهمکنشهای تکی تمرکز داشت، به عنوان مثال:

پروتئین 1 -----> ژن2 را تنظیم می کند

ü     سیستم بیولوژی مدرن از چندین نوع متفاوت از روش های اندازه گیری برای توصیف، شناسایی و مدل سازی شبکه های زیستی استفاده می کند.

1.        اندازگیری در هر دو مقیاس بزرگ و کوچک

2.        اندازه گیری با توان بالا High-throughput

3.        سنجش و اندازه گیری  کمی و/ یا کیفی

ü     به جای تجزیه و تحلیل اجزاء و عناصر تکی مانند ژن ها و پروتئین ها، هدف شناخت و درک سیستم به عنوان یک مجموعه کل (رویکرد جامع)ا ست

اما نیاز به درک چیزی شبیه به این داریم ...

انواع شبکه های بیولوژیکی

شبکه های رونویسی

شبکه های سیگنالینگ

شبکه های متابولیک

شبکه های برهمکنش پروتئین – پروتئین

شبکه های دارو-تارگت

شبکه های ژن-بیماری

شبکه های عصبی

شبکه های زیست محیطی

شبکه های اپیدمیولوژیک

و ...